Visualizacion de moleculas o cristales

La idea es usar python para visualizar estructuras como las siguientes:

Evidentemente, graficar estas figuras pasa por tambien aprender a realizar figuras sencillas como las siguientes:

?Como podemos crear una estrategia para aprender a hacer figuras con matplotlib?

Comenzaremos con el ultimo programa de la seccion anterior

from random import *
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
N=10
xv = np.zeros(N)
yv = np.zeros(N)
for i in range(0,N):
 x=random()
 xv[i]=x   
 print(x)
print(xv)
plt.grid()
plt.plot(xv,yv,'o')
plt.show()